Hồ sơ có thể gặp vấn đề nếu bên chuyển nhượng không phải chủ văn bằng, giao dịch xâm phạm quyền của bên thứ ba, hoặc hồ sơ không đáp ứng điều kiện pháp lý. Các trường hợp có nhiều hợp đồng hoặc nhiều bên nhận cũng cần kiểm tra đặc biệt.
Khả năng đăng ký chuyển nhượng trong trường hợp đang tranh chấp phụ thuộc vào tình trạng pháp lý cụ thể, chủ thể có quyền và nội dung tranh chấp. Không nên ký và nộp hồ sơ theo giả định rằng mọi nhãn hiệu đang tranh chấp đều có thể chuyển nhượng bình thường.
Bảo vệ phần mềm hiệu quả thường cần nhiều lớp: xác định chủ sở hữu, đăng ký quyền tác giả để tạo chứng cứ, quản lý quyền truy cập source code, hợp đồng với nhân sự/nhà thầu và cơ chế xử lý khi phát hiện sao chép. Không nên chỉ dựa vào một giấy chứng nhận.
Khi doanh nghiệp giải thể, cần xử lý tài sản trí tuệ trước khi hoàn tất các bước chấm dứt pháp nhân nếu nhãn hiệu còn giá trị thương mại. Việc chuyển quyền phải xác định đúng người có thẩm quyền và căn cứ pháp lý của giao dịch.
Đối với chuyển nhượng quyền sở hữu công nghiệp, hợp đồng bằng văn bản và thủ tục đăng ký với cơ quan quản lý sở hữu công nghiệp là nội dung trọng tâm để việc chuyển quyền được ghi nhận và có hiệu lực theo quy định áp dụng.
SaaS vẫn có thể được xem xét đăng ký quyền tác giả đối với chương trình máy tính. Hồ sơ nên xác định rõ phiên bản/tác phẩm đăng ký, chủ sở hữu, tác giả và cách doanh nghiệp quản lý mã nguồn, tài liệu kỹ thuật.
Quy trình nên đi theo chuỗi: kiểm tra quyền sở hữu và điều kiện chuyển nhượng, rà soát hàng hóa/dịch vụ, soạn hợp đồng, chuẩn bị hồ sơ đăng ký, nộp và theo dõi xử lý, sau đó cập nhật hồ sơ quản trị quyền.
Nhãn hiệu đang được cấp phép sử dụng không đồng nghĩa với việc không thể chuyển nhượng. Tuy nhiên, doanh nghiệp phải kiểm tra đồng thời hợp đồng li-xăng, phạm vi quyền đang cấp và quyền của các bên để tránh xung đột giữa giao dịch chuyển nhượng và quyền sử dụng đã tồn tại.
Hồ sơ đăng ký quyền tác giả cho chương trình máy tính cần chứng minh được tác phẩm, tác giả và chủ sở hữu quyền. Với phần mềm, phần thể hiện chương trình và tài liệu kèm theo cần được chuẩn bị theo yêu cầu hiện hành; doanh nghiệp không nên mặc định rằng phải công khai toàn bộ mã nguồn trên website hoặc trong hồ sơ thương mại.
Ứng dụng mobile có thể được đăng ký quyền tác giả đối với chương trình máy tính. Cần tách phần mềm khỏi các tài sản khác như tên thương hiệu, logo, giao diện đồ họa hoặc nội dung để có chiến lược bảo hộ phù hợp.